小龙女继续说道东汉的中央政府组成沿用西汉官制，以三公九卿为基本架构。但是实际政治权力已经完全转移到尚书台。东汉皇帝即位，往往以太傅或太尉录尚书事，总领政务。东汉不设丞相（东汉末年曹操任丞相是特例），刺史成为一级地方长官，地方军队的职权也受到了极大的削弱。御史台体制贬损，成为少府属官。侍中从西汉的加官转为正式职务，设侍中寺作为侍中的正式官署，隶属少府。[142][143]
汉代洛阳的宫殿复原图(绝对新图)
与西汉以太师、太傅、太保为上公不同，东汉唯以太傅为上公，无太师、太保。汉献帝时，曹操迁都许昌[25]，自任太师，位在太傅上。这是权臣擅权所为，死后即废。据《汉官》记载，太傅所属官吏有：长史一人，秩千石，掾属二十四人，令史、御属各二十二人。长史为太傅府群吏之长，掌章奏、顾问。掾属是比较高级的属吏，分曹办事。令史、御属是比较低级的吏员，办理文书、车马等琐事。[144]
东汉在遵循西汉制度的基础上建立一套更加适合于自身的政治制度。与西汉相比，东汉官制的最大特点就是：“虽置三公，事归台阁”[145]，三公权利的削弱，代之而来的是“尚书台”和六曹机构权利的大大加强，这就是后来“三省六部制”的雏形。
在加强封建中央集权方面，刘秀进行了一系列措施。[146]东汉中央政府的官员分省官、宫官、外官三大系统。内官、外朝的区分古已有之，而在宫廷之中，皇帝日常起居的区域称省中（亦称“禁中”），因此内宫官员中又有宫官与省官的区分。在皇帝身边执役、照顾皇帝日常生活的是宦官，省中的宦者均隶属黄门令管辖。省内的禁卫工作亦由宦官但任。[146]
刘秀即位，置大司徒、大司空、大司马。
大司徒，负责人民教化，掌礼仪诸事，与太尉、司空共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏[147]。
大司空，负责水利工程、城防建筑、宫室营建等事务[148]，与太尉、司徒共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。
大司马，负责全国军官的考核，每岁末，评定等次，上奏皇帝，作为军官升迁、降调的依据[149][142][150][143]。
东汉一朝，由于讲求经术，太子宫臣中以太傅为首。太傅借此向太子灌输自己的政治理念。[151]太子即位后，往往以太傅录尚书事，成为事实上的丞相。历史上，赵熹、邓彪、张禹、冯石、冯鲂、桓焉、赵浚均以太傅录尚书事。太傅死，即除此官（不再任命），以示崇重。[151]汉灵帝时，以陈蕃为太傅录尚书事，后来陈蕃被处死，以胡广继任，这是唯一的例外。[146]
三公
三公指太尉、司徒、司空，品级最高，名义上的职责是辅导皇帝主持国家政务；三公之上还有太傅，其职责辅导皇帝，但不常设。东汉的实际政务都同属尚书台，因此，三公、太傅如没有“录尚书事”的头衔，就是没有实权的虚职。三公的属官有长史一名，掾属、令史、御属各二、三十名。其中，长史是三公的主要副手，掾、属是分管具体事务的部门负责人（掾是正职，属是副职），除长史由朝廷任命外，其他属官均由三公自行聘用。
按东汉以三公领九卿的制度，太尉领太常、卫尉、光禄勋三卿。太尉府属吏有：长史一人，秩千石，总管各曹事务。各曹掾、史、属共二十四人。在诸曹中，西曹负责太尉府官吏的任免；东曹负责二千石的迁调；户曹负责户籍、祭祀、农桑；奏曹负责奏议；辞曹负责审理案件，接受上诉；法曹负责驿站事务；尉曹负责士卒和囚犯的征调、运输事务；贼曹负责缉拿盗贼；决曹负责裁决刑法；兵曹负责军事事务；金曹负责货币与盐铁事务；仓曹负责国家仓库事务。此外，还有黄阁，主簿，是阁下诸吏的长官。另有令史及御属二十三人，阁下令史负责太尉的仪仗执事；记室令史负责太尉府的奏章等各种文书的管理；门令史负责太尉府门卫。其他令史分隶诸曹，办理文书事务。从东汉太尉府诸曹的设置以及职掌来看，太尉的管辖范围似乎非常广，但那都是名义上的东西，太尉诸曹所领事务，或受制于尚书台，或仅仅为文牍往来，本身并没有可否之权，而且太尉对本府诸曹事务并没有实际节制的权力。
九卿是太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府。他们各自分管的政务是：太长掌典礼，光碌勋、卫尉掌宫省禁卫，太仆掌皇帝车马，廷尉掌司法，大鸿胪掌接待诸侯与少数名族，宗正掌皇族事务，大司农掌国家财政收支，少府掌皇帝器用服饰。九卿各官的长官是卿，副职为丞；其下分设各官管理具体事务，大体以令为正职，丞为副职。
与西汉不同的是，东汉九卿分隶属三公。太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。东汉九卿均于官称上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。除此之外，东汉九卿与西汉不同者还有：一、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。二、少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹：改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设左右丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉尚书要重要、庞大的多。[152]
与九卿级别相当的外官（亦称“列卿”）还有执金吾、将作大匠、大长秋等。其中，执金吾负责宫廷之外、都城之内的治安，都城门另有城门校尉负责守卫；将作大匠负责宗庙殿堂、宫室陵园等土木工程，其副手为丞，下属的部门负责亦以令为正职，丞为副职；大长秋主管皇后事物，性质与就卿中的少府类似，由宦者担当。
皇位继承人太子正式确立之后，有专门隶属太子的东管宫。其设官大体与政府类似，但分级没有后者细密，东宫官职均冠“太子”，如太子太傅、太子少傅、太子家令等。[142]