小龙女继续说道秦朝沿袭了商周时代的很多酷刑。据文献记载，刑罚有膑（剜去膝盖），刖（锯脚），宫，榜掠，腰斩，枭首，弃市，戳尸，坑死，凿颠，抽胁，镬烹，车裂，夷三族等。当时的中原地区古人多儒雅仁义，社会是宗族形式结构，不具备法治统治的基础。秦尊韩非的以法治国，这就造成了作奸犯科的人大增，面对条条酷刑，人们怨声载道，这也是加剧秦朝灭亡的另一个不可忽视的重要原因。[64]
统治一个大国，需要全国一致而又比较完备的法律制度。出土的云梦秦简提供了自秦孝公至秦始皇时期陆续修成的秦律的部分内容，其中有刑律的律文和解释，有名目繁多的其他律文，还有案例和关于治狱的法律文书（见云梦秦律）。秦始皇统一六国以后，以秦律为基础，参照六国律，制定了全境通行的法律。秦律经过汉朝的损益，成为唐以前历代法律的蓝本。[65]
郡县制度
秦始皇二十六年（公元前221年），丞相王绾请封诸皇子为燕、齐、楚王，得到群臣的赞同。[66]廷尉李斯力排众议，主张废除分封诸侯的制度，全面推行郡县制度。[67]秦始皇接受了李斯的建议，[68]把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十余郡。[57]皇室任免郡县的主要官吏，这些郡完全由中央和皇帝控制，是中央政府辖下的地方行政单位。中央集权的制度从此确立。秦始皇二十八年（公元前219年）的峄山刻石辞说：“追念乱世，分土建邦，以开争理”；“乃今皇家，壹家天下，兵不复起”[69]。[70]这说明秦始皇认为废分封行郡县是消除各地兵争所必须的。[71]
郡，是中央政府辖下的地方行政单位，其组织机构与中央政府略同，设郡守、郡尉、郡监（监御史）。郡守，为一郡最高行政长官，掌全郡政务，直接受中央政府节制；郡尉，辅佐郡守，掌管全郡军事；郡监，掌监察工作。
郡以下设县或道。县是秦朝统治机构中关键的一级组织，是从中央到地方政府机构中具有相对独立性的一个单位。内地设县，边地少数民族地区设道。满万户以上的县设县令，不满万户的设县长。令、长为一县之首，掌全县政务，受郡守节制。县令下设尉、丞。尉，掌全县军事和治安；丞，为县令或县长的助手，掌全县司法。郡、县主要官吏由中央任免。
县以下设乡、里和亭。乡和里是行政机构，亭为治安组织。乡设三老、啬夫和游徼。三老掌教化，啬夫掌诉讼和税收，游徼掌治安。乡以下为里，是秦国最基层的行政单位。里设里正或里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。其职能除与乡政权职能大体相同外，还有组织生产的任务。此外，还有司治安、禁盗贼的专门机构，叫做亭，亭有长。秦规定，两亭之间相隔十里，设亭长。亭遍布于城乡各要地。
秦朝创下的一套中央集权国家政治制度在以后中国社会的历史中，只有修修补补，基本框架不变。为了巩固统治。
军事
军队建制
维持一个大国的统一，还需要强大的军队。秦军以灭六国的余威，驻守全国，南北边塞，是屯兵的重点地区。秦制以铜虎符发兵，虎符剖半，右半由皇帝掌握，左半在领兵者之手，左右合符，才能调动军队。这是保证兵权在皇帝手中的重要制度。秦军是一支前所未有的巨大的震慑力量。发掘的秦始皇陵侧的兵马俑坑，估计其中两坑有武士俑七千件，战车百乘，战骑百匹。武士俑同真人一样高大，所持武器都是实物而非明器。这种车、步、骑兵混合编组的大型军阵，其规模之大，军容之盛，是秦军强大的表征。[73]